فتورالعلاقات مع افريقيا شهد ذروته عام ٢٠١٠حيث قوبل عدم مشاركة الرئيس الأسبق مبارك بالقمة الافريقية بأوغندا بإستياء شديد،كان أبلغ تعبير عنه ما قاله الرئيس الأوغندي يوري موسيڤني آنذاك بأن مصر تتعامل مع القارة كالبقرة، تريد ان تحلبها دون أن تطعمها، وذات العام جاء التطور الخطير بملف نهر النيل بقرار دول المنبع التوقيع بمدينة عنتيبي الأوغندية علي معاهدة جديدة لإقتسام موارد النهر،وعلي جانب مواز بدأت أثيوبيا ببناء سدالنهضة.. ومع تعميق ثوابت البعد الإفريقي بالسياسة الخارجية الحالية، شهدت العلاقات مع إفريقيا عامة وأوغندا خاصة تطورات إيجابية، ففي زيارة وزير الخارجية سامح شكري لكمبالا ٢٠١٥ كان إستقبال موسيڤني له بمنتهي الحفاوة بمزرعته الخاصة في »رواكي تورا»‬، كما تعددت لقاءات الرئيس السيسي مع موسيڤني علي هامش ستة قمم افريقية، بجانب زيارته لأوغندا مؤخرا.. ولاشك أن تطورالعلاقات مع أحد أهم دول حوض النيل قد انعكس في جهود الرئيس موسيڤني لعقد القمه الأولي من نوعها لرؤساء دول الحوض .
في إطار رئاسة بلاده للمجلس الوزاري لدول مبادرة حوض النيل، والتي يراها المراقبون مهمة للوصول لصيغة توافقية ترضي الجميع، من دول المنبع لدولتي المصب، ومؤخرا زار وزير الخارجية عنتيبي وسلم موسيڤني رسالة من الرئيس.. مؤكدا حرص مصر علي تقريب وجهات النظر والمواقف بين دول الحوض والعمل علي إطلاق البرامج والمشروعات التي تخدم الجميع، مع ضرورة مراعاة مبدأي المصلحة المشتركة وعدم الإضرار بأي طرف..أخيرا فإن فتح ملف عنتيبي من جديد بقمة دول الحوض يعتبر إنجازاً في حد ذاته.