فى 19 يونيو 2003 كان قطار الحركة الحقوقية على موعد مع محطة أخرى من الانقسام والتناحر، فقد أصدر الرئيس الأسبق محمد حسنى مبارك قرارًا جمهوريًا بقانون لإنشاء المجلس القومى لحقوق الإنسان، ولم يكن انقسام الحركة الحقوقية على نفسها يتعلق بمدى الصلاحيات التى يمنحها القانون لدور المجلس فى تحسين حالة حقوق الإنسان فى مصر أو أن المنظمات الحقوقية تختلف عن مدى استقلال المجلس عن السلطة التنفيذية، وهذا أيضًا لم يكن مطروحًا على مائدة الاختلاف لقد كان الخلاف الرئيسى كم عدد الشخصيات الحقوقية التى سيتم تعيينها فى المجلس والأهم من ذلك من هم، على أية حال لقد اختار الرئيس الأسبق مبارك الناشطين بهى الدين حسن وحافظ أبوسعدة، وقد وافقا على الترشح دون التعيين فى المجلس وظهر الخلاف على السطح وهو خلاف لم يخل من مزايدة. فقد اتهم النشطاء وباقى المنظمات بهى الدين وأبو سعده بتواطئهما مع الحكومة وكيف يقبلا تعيين الحكومة فى مجلس لن يكون له دور وعقد الندوات والمؤتمرات، وقد كان الخلاف ظاهرة أن هذا المجلس غير مستقل حتى قبل بدء عمله ولكن جوهر الخلاف كانت انخفاض حصة النشطاء فى التعيين بالمجلس، لاسيما أن اختيار الناشطين بهى الدين حسن وحافظ أبوسعدة يعنى ضمنيًا اعترافًا من الدولة أنهما الأجدر على تمثيل الحركة الحقوقية داخل المجلس القومى لحقوق الإنسان، وأنهما الأفضل وهو ما سبب إحباطا لحقوقيين كانوا يرون أنهم الأحق بهذا التعيين، ومنذ هذا التاريخ والنشطاء يجعلون من المجلس القومى لحقوق الإنسان هدفًا للهجوم رغم أن إنشاء المجالس القومية هو أحد معايير المجتمعات الديمقراطية واتفاقية مبادئ باريس الصادرة عام 1991 التى تنظم تأسيس هذه المجالس، تؤكد أن هذه المجالس دورها هو مساعدة الدولة ومؤسساتها وتقديم الاستشارات من أجل تحسين حالة حقوق الإنسان فلمالاعتراض وهى هيئة تساعد فى تحسين مناخ حقوق الإنسان، على أية حال تأسس المجلس القومى لحقوق الإنسان وبدأ عمله فى 2004 وحدد القانون اختصاصات المجلس وهى * تقديم مقترحات وتوصيات إلى الجهات المختصة فى كل ما من شأنه حماية حقوق الإنسان ودعمها. * إبداء الرأى والمقترحات والتوصيات اللازمة فيما يعرض عليه أو يحال إليه من السلطات والجهات المختصة بشأن المسائل المتعلقة بحقوق الإنسان وتعزيزها. * تلقى الشكاوى فى مجال حماية حقوق الإنسان ودراستها وإحالة ما يرى المجلس إحالته منها إلى جهات الاختصاص مع متابعتها. * متابعة تطبيق الاتفاقيات والمعاهدات الدولية المتعلقة بحقوق الإنسان. * التعاون مع المنظمات والجهات الدولية والوطنية والمعنية بحقوق الإنسان فيما يسهم فى تحقيق أهداف المجلس وتنمية علاقاته بها. * المشاركة ضمن الوفود المصرية فى المحافل، وفى اجتماعات المنظمات الإقليمية والدولية المعنية بحماية حقوق الإنسان. * الإسهام بالرأى فى إعداد التقارير التى تلتزم الدولة بتقديمها دوريًا إلى لجان وأجهزة حقوق الإنسان تطبيقًا لاتفاقيات دولية، وفى الرد على استفسارات هذه الجهات فى هذا الشأن. * التنسيق مع المؤسسات الدولية المعنية بحقوق الإنسان والتعاون فى هذا المجال مع المجلس القومى للمرأة، والمجلس القومى للطفولة والأمومة والهيئات ذات الشأن. * العمل على نشر ثقافة حقوق الإنسان وتوعية المواطنين بها وذلك بالاستعانة بالمؤسسات والأجهزة المختصة بشئون التعليم والتنشئة والإعلام والتثقيف. * عقد المؤتمرات والندوات، وحلقات التثقيف فى الموضوعات المتعلقة بحقوق الإنسان. * إصدار النشرات والمجلات والمطبوعات المتعلقة بأهداف المجلس واختصاصاته. ويمكن القول أن الفترة من 2004/2010 هى فترة تأسيس المجلس وتشكيل لجانه وتنظيم هياكله والسعى لإيجاد مكان له على خريطة المؤسسات الوطنية فى العالم، وقبل انتهاء مدة المجلس الأولى بأقل من شهرين تقدم بهى الدين حسن باستقالته بعد أن تأكد أنه لن يتم التجديد له وحاول المجلس فى ذلك مد جسور الثقة والتعاون مع المنظمات الحقوقية وهو ما نجح فيه المجلس إلى حد كبير. وانتهى عام 2010 بأول مواجهة بين المجلس القومى لحقوق الإنسان وعدد من المنظمات اليسارية حيث حاول المجلس القومى فى ذلك الوقت وبمناسبة خضوع مصر لآلية الاستعراض الدورى الشامل أمام المجلس الدولى لحقوق الإنسان أن ينسق مع عدد من المنظمات الحقوقية لتشكيل وفد وطنى ممثلاً لمصر، إلا أن عددًا من المنظمات على رأسها المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، رفضت ذلك بل واتهمت المجلس بأنه حكومى واتهمت الحكومة المصرية أنها تنتهك حقوق الإنسان وللحديث بقية.